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En las próximas semanas vamos a indagar sobre diversos aspectos que rodean Machine Learning. Vivimos en una sociedad cada vez más tecnológica en la que el machine learning ha ido adquiriendo mayor importancia. Aunque no seamos conscientes de ello, cada vez prevalece más este tipo de tecnología como cuando nuestro móvil reconoce llamadas de spam, […]

¿Qué es el Variant Calling? Se define como el proceso mediante el cual se identifican variantes a partir de datos de secuenciación. El proceso que se lleva a cabo groso modo de la siguiente forma: Obtener datos en formatos FASTQ de los datos de secuenciación de genoma o exoma completo. Alineamiento de las secuencias a […]

La semana pasada aprendimos a llevar a cabo docking macromolecular entre la proteína p53 y  MDM2. En la semana de hoy vamos a llevar a cabo un estudio previo al del docking molecular, vamos a analizar la interacción entre la proteína MDM2 y el ligando Benzodiacepina. ¿Qué herramientas se van a emplear? PDBSum. Base de […]

Docking Macromolecular La semana pasada se realizó Blind Docking Proteína-Ligando la interacción de la proteína Cdc25B con el ligando menadiona. En cambio, esta semana vamos a aprender a hacer Docking Macromolecular.   ¿Qué herramientas se van a emplear? HDOCK (http://hdock.phys.hust.edu.cn/), un servidor web gratuito que permite realizar docking proteína-proteína así como proteína-ADN/ARN.   UFC Chimera, […]

Desde BKL estamos orgullosos de anunciar la reciente puesta a punto de un nuevo equipo Illumina con el que seguimos ampliando nuestros servicios de secuenciación. Gracias a lo cual afianzamos nuestra posición en el mercado y nos aseguramos de seguir en la vanguardia nacional en cuanto a bioinformática y secuenciación se refiere. Con este nuevo […]

¿Qué vamos a ver hoy? En esta entrada vamos a llevar a cabo una aproximación de docking macromolecular para comprobar la interacción entre nuestro ligando menadiona y la proteína Cdc25B. Se ha de comprobar, buscando en el portal PDB (https://www.rcsb.org) si se tiene recogida la estructura molecular de esta proteína, buscando bien sea su nombre […]

¿Que vamos a ver hoy? En las entradas anteriores hemos visto cómo realizar y visualizar un docking molecular en “SwissDock”, empleando un servidor web gracias as su manejo sencillo e intuitivo. En el día de hoy vamos a aprender cómo podemos predecir una diana o “target” para un ligando determinado y cómo llevar a cabo […]

¿Que es el RNA-seq? El RNA-seq es una técnica de análisis del transcriptoma. Aunque a día de hoy existen muchas variantes de la misma, en general se puede describir como la secuenciación de ARN mediante tecnología de secuenciación masiva, las conocidas NGS, de tal forma que se obtenga información acerca de la secuencia y cantidad […]

¿Cuál es nuestro objetivo? Desde BKL queremos compartir tanto el conocimiento como la curiosidad que siempre nos han caracterizado, acerca de temas tan actuales como relevantes, entre los que podréis encontrar bioinformática, secuenciación, bioeconomía o bioempresas. Con esto no queremos sino seguir construyendo una comunidad centrada en la divulgación y el amor por la ciencia. […]