Secuenciaci贸n de ARN no codificante (ncRNA-seq)

Los ARN no codificantes son aquellos que no se traducen a prote铆nas, los m谩s frecuentes son los ARN transferentes y ribos贸micos, sin embargo, existen multitud de otros tipos que tienen important铆simas funciones en la regulaci贸n g茅nica. Y lo que es mejor a煤n, quedan muchos por descubrir, es precisamente gracias a las t茅cnicas de secuenciaci贸n masiva y a la bioinform谩tica que se intuye el enorme alcance que tienen estas mol茅culas en la vida de la c茅lula, comprob谩ndose su alteraci贸n en enfermedades como el c谩ncer o el Alzheimer.

 

Existen distintas estrategias de secuenciaci贸n en funci贸n del tipo de mol茅cula.

 

Secuenciaci贸n de ARN largo no codificante (lncRNA-seq)

Estos ARN tienen un tama帽o por encima de los 200 nucle贸tidos, que si bien no codifican para ninguna cadena polipept铆dica tiene importantes funciones reguladoras. Mediante una preparaci贸n de librar铆as dirigida se puede enriquecer la obtenci贸n de informaci贸n g茅nica y los perfiles de expresi贸n tanto de los ARN codificantes como no codificantes, lo que permite su posterior cuantificaci贸n y enriquecimiento funcional de las dianas de los transcritos, a la vez que se indica la orientaci贸n de la cadena y la relaci贸n regulatoria entre los lncRNA y sus dianas.

La secuenciaci贸n de estos ARN largos no codificantes tiene varias aplicaciones

  • Cuantificaci贸n de la expresi贸n de estos lncRNA
  • Localizaci贸n subcelular de estos lncARN
  • Verificaci贸n de la funci贸n, ya sea silenciamiento o sobre-expresi贸n
  • Interacci贸n con prote铆nas

 

Secuenciaci贸n de ARN de peque帽o tama帽o (sRNA-seq)

Estos peque帽os (18-40 nt) transcritos se han visto que tienen grandes implicaciones en procesos de silenciamiento g茅nico y regulaci贸n prostransctipcional, tan utilizada en ingenier铆a gen茅tica para controlar la expresi贸n g茅nica.

La secuenciaci贸n y el posterior an谩lisis de estos ARN de peque帽o tama帽o permite la identificaci贸n de sus patrones de expresi贸n diferencial, alteraciones estructurales y el descubrimiento de nuevos ARNs.

La secuenciaci贸n de estos peque帽os ARN tiene. distintas aplicaciones

  • Cuantifiaci贸n de la expresi贸n de los peque帽os transcritos
  • Verificaci贸n de la funci贸n, como procesos de silenciamiento o sobre-expresi贸n
  • Verificaci贸n de la diana g茅nica de un miRNA
  • Verificaci贸n de la diana g茅nica de un piRNA

 

 

 

 

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